Подскажите пожалуйста, можно ли сдавать документы на ВНЖ в Литве в Клайпеде, а забирать в Мариамполе, или наоборот?

Нет, где сдавали, там и получаете. По другому нельзя.

Раньше нельзя было.

Это только карточки ллп, пвг можно, где укажешь забирать.