У меня есть однократный австрийский шенген под даты поездки и ВНЖ Кипра.

Внутри шенгена перемещайтесь как хотите.

Легко. Однократный шенген подразумевает один въезд в шенгенскую зону, а не конкретно страну. Ну, страну визы конечно тоже стоит посетить.

Лучше вылетать только через Австрию и залетать туда же всетаки однократная. Чтобы в будущем они не докапывались к этому.