Подскажите, пожалуйста, как кипрские банки смотрят на своих клиентов-юр. лиц, чьими UBO являются граждане РФ с ВНЖ Кипра?

Зависит от контрагентов. В целом не страшно.

Да.... проверяют и просят подтверждение проживания на острове, справки НДФЛ и смотрят из каких источников поступления на счет компании.