Я живу на Кипре по визитор ВНЖ, работаю удаленно на компанию из ЕС по договору контрактора. Мне нужно платить только налоги по прогрессивной шкале и Геси как физ лицу или еще и НДС? Юр лица у меня нет, но с другой стороны я оказываю услуги.

Физлица не являются плательщиками ндс.

У вас должен быть бизнес, чтобы зарегистрироваться для целей VAT (sole trader или компания). Но sole trader тут пишут недоступен по визиторской визе. При этом для оказания услуг b2b в пределах ЕС обязательна немедленная регистрация VAT независимо от объемов услуг. С последующим применением reverse charge (бизнес-получатель, с европейским номером сам себе начисляет и сам же принимает к зачету сумму налога). Так что получается чтобы в соответствие с законодательством организовать все - либо компанию открывать, либо через третью страну.