У нас карта Тинькофф Union Pay. В каких банкоматах в Японии выгоднее всего снимать иены? Доллары можно снять где-то?

Доллары вы точно нигде не снимете, а про банкоматы — как я понял, разницы около никакой, так что в любом, который принимает UP карты.