Подскажите пожалуйста, в каком районе Токио лучше поселиться туристу чтобы было удобно добираться до Meguro, железной дороги, диснейленда, Kamakura, Enoshima, Zojoji Temple, Shiba Park и тд? Но при этом стоило не космос за квартиру, как в Shinjuku.

С такими точками нигде)) Они все почти далеко друг от друга расположены. Выберите пару близких точек на карте и уже от них выбирайте район. И в Токио в принципе на прям дешевое проживание не рассчитывайте, особо если хотите близкий (до 15 мин хотьбы) доступ к проезду.

Рекомендую выбирать что-нибудь на ветке JR Keihin-Tohoku.