Подскажите пожалуйста а если я заключу контракт рабочий контракт по IT через Португальское ИП, то можно ли будет в таком кейсе податься на ВНЖ как высококвалифицированный специалист (D3)?

Вроде бы нет, но нужно к юристам идти.

По этой схеме ездят номанды но там много бумаг нужно будет, также ип должно поработать какое то время, ещё сложно будет жилье снять ибо приоритет у тех кто официально.