Подскажите, пожалуйста, для транзитного перелета через аэропорт Кишинёв нужна ли виза или еще какие-то документы для гражданина РФ?

Не нужна.

Проблемы у граждан РФ с прохождением паспортного контроля. Если вы уверены, что вам не придется его проходить - то проблем быть не должно.