Подскажите, пожалуйста, какие налоги нужно платить по визе Digital Nomad, если доход от ИП в РФ? А если доход от ИП в Армении?

Про жену только могу ответить. Если она получит внж по воссоединению, а потом будет больше полугода отсутствовать в стране, то при продлении внж будут вопросы наверное.

Вы станете налоговым резидентом ПТ либо продив 183 дня там, либо получив ПТ адрес в своем нифе. Как только вы станете налоговым резидентом у вас есть год, чтобы оформить спец налоговый режим NRH, если ваша деятельность подпадает под этот режим. В первый год открытия ИП в ПТ вы освобождены от соц налога, дальше даже с режимом NRH вы его платите.