Могут ли выписать штраф за оверстей при подаче на ВНЖ, если человек жил в стране 180+ дней с регистрацией, которую владелец квартиры отменил за пару недель до подачи на ВНЖ?

Не будет штрафа, поставьте после внж (вам все равно это делать после получения внж)

Вы всегда можете упомянуть, что случилось, и чтобы нашли в истории факт получения вами регистрации. У миграционной всё эти данные есть.