В очереди на лист ожидания на визу в Германию надо записывать данные загранника?

Да, сама форма записи содержит такое поле.

В консульстве сказали, что можно и по российскому.

Вот что нашла: Во избежание манипуляций, которые ведут к увеличению срока ожидании для всех, система записи не позволяет более одной записи на один номер паспорта! • Российские граждане указывают в поле «№ паспорта» номер общегражданского (внутренного) паспорта – все десять цифр без пробелов. • Для детей без общегражданского паспорта указывается дата рождения в формате ддммгг, куда добавляются цифры из № свидетельства о рождении. Пример: д/р 7 марта 2002, св. о рождении I-АК № 771283 → 070302771283 • Граждане других государств указывают в этом месте номер загранпаспорта без пробелов. Любая ошибка в номере паспорта означает, что вход в Визовый отдел не допускается.