Может быть причина отказа в визе что отель полностью не оплачен ?

Это вряд ли. А вот если даты отелей не совпадают с датами по билетам, то это с большой вероятностью приведет к отказу. Также могут быть вопросы, если отель в сотнях км от места прибытия по билетам. Или, например, забронирован отель на 3 месяца в каком-то совершенно туристически непривлекательном месте, куда никто не ездит, что резонно вызовет мысли, что цели поездки другие...

У нас отказ пришел тоже неделю назад. Причина скорее всего как раз в неоплаченном отеле, плюс отказывают одиноким девушкам и пенсионерам. Будем выкупать отель и прикладывать документы о недвижимости в РФ.