Подруга в аэропорту Пулково, купила билет в Ереван через Минск на паспорт РФ-не выпускают, говорят 2 границы без заграна нельзя-кто-то может подсказать законное основание всего этого?!

Законное. из Минска по внутреннему паспорту можно вылететь только в РФ из зарубежья, путешествовать по внутреннему паспорту можно только напрямую между РФ и РА.

Правильно говорят, только прямым рейсом.

Это особенность именно Минска, из Актау (Казахстан) выпускают по внутреннему.