Если ехать фликсбасом между странами ЕС, проверяют ли паспорт при посадке, или только билет?

Зависит только от водителя кто-то проверяет, кто-то не проверяет.

Проверяют водители везде не только паспорт, но и визу в нем. 2 случая наблюдала, когда не пустили африканцев, тк что-то с документами было не в порядке, вплоть до вызова итальянской полиции. Оба случая были в Италии. При пересечении границы с Францией французские пограничники проверяли паспорта и визы. Высаживали ребят, уж не знаю по какой причине.