Подскажите, пожалуйста, при наличии гражданства РФ и ВНЖ Латвии существуют ли какие либо ограничения по пересечению границы из РФ в ЕС, связанные со сроком ВНЖ?

Не слушайте знакомых. И виза, и внж действительны для въезда до 23: 59 дня, который на них указан. Три месяца - это обязательный срок действительности для паспорта, в котором краткосрочная виза (туристам). К внж не имеет отношения вообще никак.