У кого есть двойное гражданство РФ и Армении, скажите, по какому паспорту лучше выезжать в Россию, если ехать на машине?

Я бы в любом случае при выезде предъявлял тот, по которому въезжал.

Въезжать и выезжать в и из России, вы можете только по российскому паспорту, так как у РФ и Армении нет договора о двойном гражданстве, российскими властями вы воспринимаетесь исключительно, как гражданин РФ.