Есть действующая виза на Кипр на год, если я приеду, то выехать нужно до срока окончания визы (заканчивается в середине июля), или можно позже? Какие риски?

Позже нельзя.

Не только до окончания визы, но ещё и до окончания срока пребывания 90 дней в полугодие. Риски как обычно — запрет на въезд в ЕС, невыдача виз в дальнейшем, были случаи и тюрьмы с депортацией Это в США можно въехать в последний день действия визы, и оставаться там сколько разрешит офицер (обычно полгода). Шенген, Кипр и прочее подобное — оставаться в стране можно только в пределах действия визы.