Если я поеду из РФ в Литву с молдавским паспортом, я получу на обратной дороге миграционную карту?

У вас только молд. паспорт? Тогда вам до Минска на самолёте ( чтобы был выезд из РФ официальный). Из аэропорта до вокзала, там на автобусе до Вильнюса. Обратно в таком же порядке: на самолёте из Минска до Москвы, чтобы вам дали миграционную карту России.