Подскажите пожалуйста, могу ли я по паспорту РФ с Болгарской визой (а она с правом въезда на Кипр) вылететь из Израиля на КИПР?

Без разницы, откуда вы вылетаете, можете. Но учтите, если вы берёте пересадку в Тель-Авиве, это чревато.

Вы можете там застрять и надолго. Допросы и тд. Скорее всего, на следующий рейс опоздаете. Не самый комфортный маршрут(((

Я летел из Болгари с ней, за 3 дня до окончания. Вопросов не было.