Подскажите пожалуйста, заказали в МФЦ в Израиле справки о не судимости, и там же сказали, что апостиль на них можно поставить только если заверить эти справки у нотариуса, это обязательно делать ?

Нет, заказываете спокойно через госуслуги, указываете получение в подразделении МВД по региону лично, там же оказывают услугу по апостилированию, т. е. когда приедете за готовой справкой, скажете сотрудникам отдела, что еще нужен простиль. Заранее госпошлину оплачиваете 2500 и в этот же день справку с апостилем заберете. Желательно только с утра приехать, тогда точно в этот же день заберете.

Если электронная справка, то апостиль не ставят. Только на бумажную из МВД, нам так сказали.

Нет. Нотариальное заверение не нужно. Апостиль ставят на справку, выданную в МФЦ.