Подскажите, пожалуйста! Если нерезидент сдал уведомление, ходатайство, все необходимы документы , прописался в квартире и через какое то время выехал из страны и вернулся, то нужно ли снова сдавать уведомление в миграционку?

Нужно, уведомление о принятии вас по месту жилья действует на время прибывания, то есть пока не уедете. Прибывать где-то, уехав из страны, невозможно. Ну и счётчики все тоже сбрасываются, в общем при новом въезде всё по новой.