Правильно я понял, что получить Digital Nomad или Startup визу Португалии в Армении не получится и нужно ехать в Москву? Есть варианты без визита в Россию?

Да. Получить внж в любой другой стране, где возможно попасть в консульство пт.

Через Сербию можно, самый простой вариант, а стартап можно и изнутри страны, сделав шенген в Армении.