Если я получу дубликат документа в одном загсе, мне апостиль в другом загсе смогут поставить?

Конечно. В питере вообще один загс только для этого, а доки все берут в разных.

Только апостили только через мфц.

Апостили в главном загсе регионе или города ставятся. Если есть мфц, то через мфц тоже можно.