У кого-нибудь есть опыт выезда из ЕС таким маршрутом: Венеция (или другой город ЕС) -Гданьск (интересует именно он), потом транзит на машине в Калининград. Нормально пускают с туристической визой?

Если с визой все в порядке -да. По ней вы можете переместится в другую страну Шенгена, а из Гданьска как минимум 4 раза в день ходит рейсовый автобус в Калининград ну или можно заказать отдельного перевозчика. Расписание автобусов ( билеты покупаются там же ) на калининградском сайте автовокзала. Обратный путь таким же образом-существует, но недоступен.