Если одно из моих российских юр. лиц покупает оборудование в России у российского поставщика и потом транспортирует и передает в пользование юр. лицу Армянскому в пользование, при перевозке через границу какие доки будут необходимы!?

По идее обычная CMR-ка. Особо то более ничего там быть не может. При перевозке вообще погран службе не то, чтобы было дело огромное.

Тут скорее вопрос как это корректно оформить по бухгалтерии - но это больше вопрос к бухгалтеру, чем к перевозчику.