Подскажите, если авто на фамилию по паспорту РФ, как в Латвии посмотрят на это? Или норм пропускают по загранпаспорту РФ в Молдавию?

В Латвию Вам нужно въезжать по молдавскому паспорту. Но даже если у вас в техпаспорте фамилия написана иначе - это не станет проблемой.

Даете им техпаспорт и молдавский загран, оформляют машину на молдавский загран, хоть и есть разночтения в написании ФИ. С 1 июня будет другая проблема для российских авто - гринкарта в Европе.