Мой сын получил с Мигриса письмо о том что внж ему одобрено (подавал как и я, по происхождению) теперь надо ехать его забирать. Виза у него 2021 года, пустят его в Литву забрать документ?

Если текущим правилам соответствует, то пустят.

Пустят.

Пусть откроет письмо о готовности внж перед границей. Если что покажет пограничнику.

Если у вас кто-то живёт уже в Литве, то могут забрать сами, а ему уже передать, тогда он по внж без проблем въедет.