Подскажите пожалуйста, можно ли по гостевой визе уехать в Германию и оттуда зарегистрировать брак и подать документы на воссоединении семьи?

Это крайне маловероятно. По визе С расписывают на усмотрение бератора, это редкие случаи. И чтобы ещё и остаться дальше.... .

Для этого нужна специальная виза, так называемая виза невесты. откуда регисстрирующий орган знает о вашем брачном прошлом в РФ?

Если виза продленная и Вы получили разрешение на брак из Земельного суда, приезжайте за 3 недели до назначенной регистрации. УЛОЖИТЕСЬ . Только спросите в АБХ про это. Я выходила замуж так... по свежем шенгену и ВНЖ было готово до окончания 90 дней. В РФ не выезжал.