Правильно я понимаю, что визу Португалии digital nomad можно оформить и находясь уже в Португалии, но оформление тогда больше времени занимает? Или только через визу из страны резидентства?

Нельзя, из Португалии можно получить ВНЖ на основании индивидуальной предпринимательской деятельности. Ждать порядка 1.5-2 лет. Или как квалифицированный специалист с работодателем в Португалии, это примерно 3-9 месяцев.