Скажите, в Португалии, пока жду карточку SEF после подачи документов, если виза, по которой въехала - закончилась, я не могу никуда выехать за пределы страны?

Нельзя выезжать без карточки.

Дают распечатку, да. Прокатит ли она на границе, не проверял. Но в пределах ЕС разве есть проблемы ездить?

Пока вы ждете ВНЖ, вы можете находиться только в Португалии. Другие страны ЕС/Шенгена не примут бумажку из SEF, которую вам дали, если вы попадете на проверку документов. По этой бумажке можно выехать из Шенгена прямым рейсом из Португалии, но потом будет очень сложно вернуться, т. к. авиакомпании откажутся вас пускать на посадку без действующей визы.