Заполнили Электронную пограничную декларацию, пришел отказ - отель отсутствует в утверждённом списке учреждений. Что делать?

Проверять отель по списку (паралельно связывааться с хозяином и уточнять). Если в списке отеля нет (думаю, хозяин об этом бы предупредил) - бронировать новый и оформлять разрешение заново.