Подскажите, если я пересекал границу США в неиммиграционном статусе F-1 в середине марта, не будет ли это нарушением, если я сейчас заполню DS-260, когда 90 дней с момента моего прилета еще не прошло?

Заполняйте. Не будет, потому что обстоятельства поменялись сейчас. А тогда вы же не знали, что выиграли.

Вообще не парьтесь. F1 у вас уже есть. Вот если бы вы подавались только на F1, чтобы потом податься на AOS - то да. И правило 90 дней тоже не про Вас. В конце концов, мне же дали))

Не верно! Одно другому не мешает.