Делал рвп по внутреннему, недавно выезжал за пределы рк, когда обратно проходил, прошёл по заграну, может ли это как-то повлиять на тот действующий рвп?

Ну вот как-то писали, что по базе оказалось как два разных человека. Соответственно сейчас по идее у вас только 90 дней. Стоит обратиться в миграционку или позвоните в погранслужбу во избежание в дальнейшем сюрпризов. Нужно использовать паспорт, на который РВП оформлен.