Если кто-то сталкивался с налогами, подскажите, для индивидуального предпринимателя что лучше получить CUIT, CUIL или CDI?

Это разные этапы жизни одного и того же инн, вам выдадут то, что соответствует вашему текущему миграционному статусу, при повышении этого статуса- изменят категорию инн, сам номер останется неизменным.