Я живу в Германии уже 3 года, заканчиваю тут университет. Нашла работу, и босс не против подписать бессрочный контракт после окончания обучения.

Прежде всего - поздравления! Вам нужно будет поменять параграф ВНЖ. На сайте Абх должен быть список документов, как если бы вы теперь по рабочей визе будете подаваться на ВНЖ.