Я влетел в молдову по российскому паспорту. Получил загран молдовы и тд. Вылетать надо по российскому снова чтобы печать стояла о том что я вылетел, или можно уже сразу по молдавскому?

В молдавский печать не ставят на сколько я помню, для спокойствие можете дать Рф чтоб печать была.

2 гражданства подразумевают выезд и въезд в рф по паспорту рф.

А какие у вас были основания для въезда, как вас впустили?)

Лучше всего летать везде по молдавском паспорту, и не светить русский, тогда меньше будет вопросов и проблем на границах, если конечная точка не Россия.