Еду впервые на автобусе Эстония-Россия. Волнуюсь о прохождении граници РФ. Если они спросят как я без визы попала в Эстонию, что им мне сказать?

Мне кажется, Вы не нарушаете ничего. Эстония Вас выпустит по эст. паспорту, Россия впустит по российскому. И все...

Правду. Пограничники никого не едят, электрошокером не бьют и в тюрьму не сажают. Они просто проверяют документы и регистрируют въезд. Второе гражданство много у кого есть. оно не запрещено. И это совсем не диковинка. Спокойно проедете.