Подскажите пожалуйста, могут ли возникнуть проблемы при вылете из Даболима, если влетал в Индию через Мумбаи?

Если вы не нарушали никаких миграционных правил, то можете влетать и вылетать откуда угодно и когда угодно в рамках действующей визы. Никаких проблем не будет.