А подскажите пожалуйста лучше в Молдову брать билеты через Стамбул или Ереван?

Стамбул, как никак город контрастов)

Смотрите по своим финансам. Ереван дешевле и единым билетом, не нужно заново сдавать багаж, но часто бывают задержки (что для меня было не критично). Стамбул два разных рейса, новая регистрация и заново сдавать багаж.