Пропускают ли в Эстонию граждан Израиля при наличии российского гражданства?

Пропускают, при обьяснении маршрута и целей поездки.

Зачем гражданину Израиля, имеющему израильский паспорт, показывать эстонцам еще и российский паспорт, чтобы их позлить? С вашим израильским паспортом Вам везде зеленый свет. Наслаждайтесь)

Пропускают. Если вы постоянно живете в России с собой оба паспорта. По российскому вы будете выезжать из России, по израильскому въезжать в Эстонию.(Основание для въезда) отметки в российском ставят на обеих границах так как вы являетесь резидентом России на данный момент.