Могут ли эстонцы аннулировать французскую визу, если я поеду в Россию через Эстонию обратно (хочу еще на неделю в Эстонии остановиться)?

Слышала что трансфер через Эстонию запрещает ночевку, но не перепроверяла эту информацию.

Не могут, можете быть в Эстонии столько-сколько не нарушит сроков пребывания в шенгене.

Остановиться можно на пути в Россию. Из России не впустят в Эстонию если у вас туристическая виза.