Подскажите лечу в Испанию через Рим, шенген испанский, не будет ли вопросов? И надо ли где то фиксировать прилёт в Испанию , так как лечу на три месяца , но печать же в шенгене ставят только в первой стране въезда.

По прилету в Испанию можете взять в аэропорту ( и в течение 72 часов после прилета) declaracion de entrada на основании ваших посадочных из Рима.

Виза не дает гарантий въезда никогда.

Если не планируете оставаться в Испании, подавать на студенческий ВНЖ например, то нет необходимости фиксировать прилет. Итальянского штампа будет достаточно. Если это первый въезд по данной испанской визе, то сохраните посадочные в/из Испании и брони проживания (если они есть) для подачи на следующую визу в будущем, чтобы показать, что были в Испании.