Подскажите на каком сайте кроме букинга можно забронировать отель в киото?

На любом, агода, островок тот же (но там выбор меньше и иногда намного дороже)

Можно на Островке. А ещё напрямую на сайте отеля, если у них есть опция оплаты на месте. Я так бронировали Аpa Hotel в Токио. Получилось даже немного дешевле, чем давал букинг.