Если вьехал в Молдову из России, но оформил временное проживание и проживаешь в Приднестровье, как быть с 90 дней разрешённых для нахождения в Молдове или когда пересёк границу Приднестровья считается что покинул страну?

Там нет границы между территориями! Ничего показывать не придется. Это всё Молдова.

С точки зрения молдавских властей и молдавского законодательства, никакой границы между Молдовой и ПМР не существует так как не существует никакого ПМР. Всё это территория Республики Молдова и где бы вы не находились, иностранный гражданин обязан соблюдать нормы закона Республики Молдова. Несоблюдение сроков легального нахождения в РМ иностранным гражданином влечет ответственность по ст. 333 КоП, п.(1). Но в ст. 333, п.(5) есть небольшое исключение для иностранных граждан постоянно проживающих в Приднестровье. Относится ли это к иностранным гражданам, оформивших только временное проживание, нужно уточнять.