Подскажите кто летал из РФ flyone через Ереван в Кишинев, багаж нужно оплачивать для каждого отрезка пути отдельно?

Нет. Если билет единый, то нет. Один раз покупаете и всё. Можно купить сразу при оформлении билета, а так же докупить. В приложении и на сайте есть опция добавить багаж.

Если единый билет, то нет, один раз.

Не забудьте внимательно весь мелкий шрифт у FlyOne прочесть, чтобы не попасть на платную регистрацию в аэропорту )