Насколько имеет смысл указывать везде тот адрес, который значится в карточке ВНЖ, а не фактический? Может ли это на что-то повлиять?

Могут ли быть какие-нибудь проблемы (хотя бы теоретически) из-за того, что префектура знает про один адрес проживания, а, например, налоговая - про другой?

@Aleksei: Вряд ли. Здесь скорее вопрос о том, на какой адрес вам могут выслать необходимые документы или другие важные бумаги. Если они это сделают на ваш адрес, где вы фактически проживаете, то никаких проблем с получением у вас не будет. У меня в титре адрес одного города, а фактически я проживаю в другом. И всегда указываю фактический адрес. Никогда никаких проблем с этим не было.