Можно ли находясь в Тбилиси сняться с регистрации (выписаться) из квартиры в РФ?

Интересовался тем же вопросом, в мфц сказали что через консульство возможно, но как на самом деле не знаю.

Можно. Нужно написать заявление. Заверить его в консульстве (либо у нотариуса но я не проверял этот вариант). Далее передать его в ФМС по месту регистрации либо по почте (так официально), либо через доверенное лицо (я так делал). Должны снять с регистрации в течение 3 дней с момента подачи.

Через госуслуги можно же теперь.

Можно через мировой суд, владелец жилья пишет исковое заявление о снятии с регистрационного учета. Выйдет рублей на 1500-2000 и сроки достаточно короткие.