Ехал с аэропорта Базеля в Швейцарию на машине, и там таможня была Франция - Швейцария, я случайно проехал таможенника, когда он проверял другую машину, что-то может быть за это?

Если он не пытался остановить вас, то ничего, по идее)) Формально границ нет внутри.

Французская граница в Женеве - нормальная ситуация, вас не остановили, вы проезжаете. такая же история со стороны Монблана, нет оснований для волнений, если бы хотели вас остановить - остановили бы и проверили документы.