Подскажите, пожалуйста, для того, чтобы начать работать по визе фрилансера в Германии, надо ли где-то регистрироваться как самозанятый или фрилансер? Написали в финанцамт, но они не отвечают

Зависит от Вашей профессии. Если Вы попадаете под Freiberufliche Tätigkeit согласно § 18 EStG, то Вам достаточно заполнить Fragebogen zur steuerlichen Erfassung, получить налоговый номер и работать. Почитайте в Википедии статью Freier_Beruf_(Deutschland) - там указаны эти профессии.