Если я получил первый даркон на год и при этом большинство стран не пускает по даркону, до окончания срока действия которого меньше полугода, означает ли это что фактически на полгода я становлюсь невыездным? Ведь сделать новый даркон раньше нельзя.

Из Израиля вас выпустят. Вы вполне себе выездной до окончания срока действия документа. Во многих странах вас всё равно впустят если дата выезда оттуда будет раньше истечения срока документа. Ну и наконец в другие страны вы можете въезжать по другим имеющимся у вас загранпаспортам.

И вроде ж срок действия паспорта должен заканчиваться не позднее, чем через 3 месяца со дня выезда из страны .

Нет такого, что большинство требует 6 месяцев. Европа требует 3 месяца. у меня такая же проблема. хочу подать на новый даркон не дожидаясь окончания старого и года в стране. не знаю, получится ли.

Почему нельзя? за полгода до окончания проездного документа можно заказать новый. Или даркон. В вашем случае он будет опять на год. Или ТМ.